On Massive Calculations of Maps of Molecular Surface of Helical Proteins and Nucleic Acids

O A Afanasiev; Афанасьев Олег Александрович; P V Zrelov; Зрелов Пётр Валентинович; V V Ivanov; Иванов Виктор Владимирович; V A Stepanenko; Степаненко Виктор Алексеевич; R V Polozov; Полозов Роберт Валентинович; Yu N Chirgadze; Чиргадзе Юрий Николаевич

Массовые вычисления карт молекулярных поверхностей спиральных белков и нуклеиновых кислот

Авторы: Афанасьев О.А.¹, Зрелов П.В.¹, Иванов В.В.¹, Степаненко В.А.¹, Полозов Р.В.², Чиргадзе Ю.Н.³
Учреждения:
1. Объединённый институт ядерных исследований
2. Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН
3. Институт белка РАН
Выпуск: № 3.2 (2010)
Страницы: 72-76
Раздел: Статьи
URL: https://journals.rudn.ru/miph/article/view/8509

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Разработан подход для организации массового расчёта карт молекулярной поверхности спирализованных белков и нуклеиновых кислот в распределённых вычислительных средах. Три программы SURFACE-2008-compact, PROT-Zcompact и DNA-RNAZcompact, представляющие собой модифицированные Linux версии программных кодов SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA-Z, были разработаны для расчёта карт поверхностей спиральных белковых молекул и спиральных ДНК/РНК-молекул. Для того, чтобы организовать массовый счёт большого набора карт, из программных кодов SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA-Z были исключены графический интерфейс и ввод управляющих параметров в диалоговом режиме. Ввод управляющих параметров и запуск программ SURFACE-2008-compact, PROT-Zcompact и DNA-RNA-Zcompact был реализован с помощью специальной скрипт-программы. Для графического представления и дальнейшего анализа полученных таким образом карт используются соответствующие полные версии программ SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA.

Ключевые слова

распределённые вычислительные системы, спиральные белки, нуклеиновые кислоты, картографирование, скрипт-программа

Список литературы

Software Complex for Computing Surface Maps of Helical Biopolymer Molecule Proteins and Nucleic Acids / O. A. Afanasiev, V. V. Ivanov, V. A. Stepanenko et al. // Book of abstracts, of Inter. Conf. "Mathematical Modeling and Computational Physics, 2009" / JINR, Laboratory of Informational Technologies. - Dubna, 2009. - P. 171.
An Information Portal to Biological Macromolecular Structures. - http://www. rcsb.org/pdb/home/home.do.
Structural Bionformatics, second edition / Ed. by P. E. Bourne, J. Gu. - John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, 2009. - Pp. 271-291.
Chirgadze Y. N., Kurochkina N., Nikonov S. Molecular Cartography of Proteins: Surface Relief Analysis of the Calf Eye Protein Gamma-Crystallin // Protein Engineering. - 1989. - Vol. 3. - Pp. 105-110.
Чиргадзе Ю. Н., Ларионова Е. А. Определяющая роль кластеров полярных остатков в структурах белковых факторов при узнавании большой бороздки двухспиральной B-ДНК // Мол. биология. - 2003. - Т. 37, № 2. - С. 266-276.
McDonnell P. W. Introduction to Map Projections. - Marcel Dekker, Inc. (New York), 1979.
Lazarus. - http://www.lazarus.freepascal.org/.
Система управления заданиями. - http://rsusu1.rnd.runnet.ru/opbs/ipbs. html.

Имя пользователя
Пароль
Запомнить меня

Забыли пароль?	Регистрация

Имя пользователя
Пароль
Запомнить меня

Забыли пароль?	Регистрация

Том 32, № 4 (2024)

Массовые вычисления карт молекулярных поверхностей спиральных белков и нуклеиновых кислот

Полный текст

Аннотация

Ключевые слова

Об авторах

Олег Александрович Афанасьев

Пётр Валентинович Зрелов

Виктор Владимирович Иванов

Виктор Алексеевич Степаненко

Роберт Валентинович Полозов

Юрий Николаевич Чиргадзе

Список литературы

Данный сайт использует cookie-файлы