Discrete and Continuous Models and Applied Computational ScienceDiscrete and Continuous Models and Applied Computational ScienceDiscrete and Continuous Models and Applied Computational Science2658-46702658-7149Peoples' Friendship University of Russia named after Patrice Lumumba (RUDN University)8509ArticlesСтатьиOn Massive Calculations of Maps of Molecular Surface of Helical Proteins and Nucleic AcidsМассовые вычисления карт молекулярных поверхностей спиральных белков и нуклеиновых кислотAfanasievO AАфанасьевОлег АлександровичЛаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследований; Joint Institute for Nuclear ResearchЛаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследованийolegafan@jinr.ruZrelovP VЗреловПётр ВалентиновичЛаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследований; Joint Institute for Nuclear ResearchЛаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследованийzrelov@jinr.ruIvanovV VИвановВиктор ВладимировичЛаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследований; Joint Institute for Nuclear ResearchЛаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследованийivanov@jinr.ruStepanenkoV AСтепаненкоВиктор АлексеевичЛаборатория информационных технологийОбъединённый институт ядерных исследований; Объединённый институт ядерных исследований; Joint Institute for Nuclear ResearchЛаборатория информационных технологийОбъединённый институт ядерных исследований; Объединённый институт ядерных исследованийvstep@jinr.ruPolozovR VПолозовРоберт ВалентиновичInstitute of Theoretical and Experimental BiophysicsRussian Academy of SciencesИнститут теоретической и экспериментальной биофизики РАНpolrob@mail.ruChirgadzeYu NЧиргадзеЮрий НиколаевичInstitute of Protein ResearchRussian Academy of SciencesИнститут белка РАНchir@vega.protres.ruJoint Institute for Nuclear ResearchОбъединённый институт ядерных исследованийInstitute of Theoretical and Experimental BiophysicsRussian Academy of SciencesИнститут теоретической и экспериментальной биофизики РАНInstitute of Protein ResearchRussian Academy of SciencesИнститут белка РАН020320103.2NO3.2 (2010)№3.2 (2010)727608092016Copyright ©; 2010, Афанасьев О.А., Зрелов П.В., Иванов В.В., Степаненко В.А., Полозов Р.В., Чиргадзе Ю.Н.2010Афанасьев О.А., Зрелов П.В., Иванов В.В., Степаненко В.А., Полозов Р.В., Чиргадзе Ю.Н.http://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://journals.rudn.ru/miph/article/view/8509An approach has been developed for organizing massive calculations of the maps of a molecular surface of helical proteins and nucleic acids in the distributed computing media. Three new program codes SURFACE-2008-compact, PROT-Zcompact and DNA-RNA-Zcompact that represent modified Linux versions of codes SURFACE-2008, PROT-Z and DNA-RNA-Z were elaborated to calculate the surface maps of the helical protein molecules and the helical DNA-RNA molecules. In order to organize massive computing of a large set of molecules, the graphical interface and the input of control parameters in a dialog mode are eliminated from the SURFACE-2008, PROT-Z and DNA-RNA-Z codes. To input the control parameters and to run codes SURFACE-2008-compact, PROT-Zcompact and DNA-RNA-Zcompact, a special script-program has been implemented. For graphical presentation and further analysis of the maps obtained in such a way corresponding full versions of codes SURFACE-2008, PROT-Z and DNA-RNA-Z are used. The investigation has been supported by a grant of the RFBR 07-07-234.Разработан подход для организации массового расчёта карт молекулярной поверхности спирализованных белков и нуклеиновых кислот в распределённых вычислительных средах. Три программы SURFACE-2008-compact, PROT-Zcompact и DNA-RNAZcompact, представляющие собой модифицированные Linux версии программных кодов SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA-Z, были разработаны для расчёта карт поверхностей спиральных белковых молекул и спиральных ДНК/РНК-молекул. Для того, чтобы организовать массовый счёт большого набора карт, из программных кодов SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA-Z были исключены графический интерфейс и ввод управляющих параметров в диалоговом режиме. Ввод управляющих параметров и запуск программ SURFACE-2008-compact, PROT-Zcompact и DNA-RNA-Zcompact был реализован с помощью специальной скрипт-программы. Для графического представления и дальнейшего анализа полученных таким образом карт используются соответствующие полные версии программ SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA.distributed computing systemshelical proteinsnucleic acidsmappingscript-programраспределённые вычислительные системыспиральные белкинуклеиновые кислотыкартографированиескрипт-программа1.Software Complex for Computing Surface Maps of Helical Biopolymer Molecule Proteins and Nucleic Acids / O. A. Afanasiev, V. V. Ivanov, V. A. Stepanenko et al. // Book of abstracts, of Inter. Conf. "Mathematical Modeling and Computational Physics, 2009" / JINR, Laboratory of Informational Technologies. - Dubna, 2009. - P. 171.2.An Information Portal to Biological Macromolecular Structures. - http://www. rcsb.org/pdb/home/home.do.3.Structural Bionformatics, second edition / Ed. by P. E. Bourne, J. Gu. - John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, 2009. - Pp. 271-291.4.Chirgadze Y. N., Kurochkina N., Nikonov S. Molecular Cartography of Proteins: Surface Relief Analysis of the Calf Eye Protein Gamma-Crystallin // Protein Engineering. - 1989. - Vol. 3. - Pp. 105-110.5.Чиргадзе Ю. Н., Ларионова Е. А. Определяющая роль кластеров полярных остатков в структурах белковых факторов при узнавании большой бороздки двухспиральной B-ДНК // Мол. биология. - 2003. - Т. 37, № 2. - С. 266-276.6.McDonnell P. W. Introduction to Map Projections. - Marcel Dekker, Inc. (New York), 1979.7.Lazarus. - http://www.lazarus.freepascal.org/.8.Система управления заданиями. - http://rsusu1.rnd.runnet.ru/opbs/ipbs. html.