Массовые вычисления карт молекулярных поверхностей спиральных белков и нуклеиновых кислот

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Разработан подход для организации массового расчёта карт молекулярной поверхности спирализованных белков и нуклеиновых кислот в распределённых вычислительных средах. Три программы SURFACE-2008-compact, PROT-Zcompact и DNA-RNAZcompact, представляющие собой модифицированные Linux версии программных кодов SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA-Z, были разработаны для расчёта карт поверхностей спиральных белковых молекул и спиральных ДНК/РНК-молекул. Для того, чтобы организовать массовый счёт большого набора карт, из программных кодов SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA-Z были исключены графический интерфейс и ввод управляющих параметров в диалоговом режиме. Ввод управляющих параметров и запуск программ SURFACE-2008-compact, PROT-Zcompact и DNA-RNA-Zcompact был реализован с помощью специальной скрипт-программы. Для графического представления и дальнейшего анализа полученных таким образом карт используются соответствующие полные версии программ SURFACE-2008, PROT-Z и DNA-RNA.

Об авторах

Олег Александрович Афанасьев

Объединённый институт ядерных исследований

Email: olegafan@jinr.ru
Лаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследований

Пётр Валентинович Зрелов

Объединённый институт ядерных исследований

Email: zrelov@jinr.ru
Лаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследований

Виктор Владимирович Иванов

Объединённый институт ядерных исследований

Email: ivanov@jinr.ru
Лаборатория информационных технологий; Объединённый институт ядерных исследований

Виктор Алексеевич Степаненко

Объединённый институт ядерных исследований

Email: vstep@jinr.ru
Лаборатория информационных технологийОбъединённый институт ядерных исследований; Объединённый институт ядерных исследований

Роберт Валентинович Полозов

Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

Email: polrob@mail.ru
Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

Юрий Николаевич Чиргадзе

Институт белка РАН

Email: chir@vega.protres.ru
Институт белка РАН

Список литературы

  2. Software Complex for Computing Surface Maps of Helical Biopolymer Molecule Proteins and Nucleic Acids / O. A. Afanasiev, V. V. Ivanov, V. A. Stepanenko et al. // Book of abstracts, of Inter. Conf. "Mathematical Modeling and Computational Physics, 2009" / JINR, Laboratory of Informational Technologies. - Dubna, 2009. - P. 171.
  3. An Information Portal to Biological Macromolecular Structures. - http://www. rcsb.org/pdb/home/home.do.
  4. Structural Bionformatics, second edition / Ed. by P. E. Bourne, J. Gu. - John Wiley & Sons, Inc., Hoboken, NJ, 2009. - Pp. 271-291.
  5. Chirgadze Y. N., Kurochkina N., Nikonov S. Molecular Cartography of Proteins: Surface Relief Analysis of the Calf Eye Protein Gamma-Crystallin // Protein Engineering. - 1989. - Vol. 3. - Pp. 105-110.
  6. Чиргадзе Ю. Н., Ларионова Е. А. Определяющая роль кластеров полярных остатков в структурах белковых факторов при узнавании большой бороздки двухспиральной B-ДНК // Мол. биология. - 2003. - Т. 37, № 2. - С. 266-276.
  7. McDonnell P. W. Introduction to Map Projections. - Marcel Dekker, Inc. (New York), 1979.
  8. Lazarus. - http://www.lazarus.freepascal.org/.
  9. Система управления заданиями. - http://rsusu1.rnd.runnet.ru/opbs/ipbs. html.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Афанасьев О.А., Зрелов П.В., Иванов В.В., Степаненко В.А., Полозов Р.В., Чиргадзе Ю.Н., 2010

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.