Нелинейная динамика неклассических уединённых волн

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Методом обобщённых когерентных состояний (ОКС) в применении к решеточной модели ДНК получено нелинейное уравнение Шрёдингера. В этой модели макромолекула ДНК подвержена влиянию тепловых фононов. Путем анализа уравнения Шрёдингера с насыщением получено несколько солитоно-подобных решений, описывающих водородные связи. Среди них имеется пара «компактный и антикомпактный солитоны», которая эволюционирует в соответствии с механизмом восстановления открытых состояний с водородными связями.

Об авторах

Мария Лурдес Нехара

Институт растениеводства

Хосе А Агиллар

Государственный автономный университет

Факультет наук

Максимо А Агуэро

Государственный автономный университет

Email: makxim@gmail.com
Факультет наук

Список литературы

  2. Serkin V. N., Hasegawa A., Belyaeva T. L. Nonautonomous Solitons in External Potentials // Phys. Rev. Lett. — — Vol. 98, issue 7. — 074102.
  3. Nature of the Open State in Long Polynucleotide Double Helices: Possibility of Soliton Excitations / S. W. Englander, N. R. Kallenbach, A. J. Heeger et al. // Proc. Natl. Acad. Sci (U.S.A.). — 1980. — Vol. 77 (12). — Pp. 7222–7226.
  4. Yomosa S. Soliton Excitations in Deoxyribonucleic Acid (DNA) Double Helices // Phys Rev. A. — 1983. — Vol. 27. — Pp. 2120–2125.
  5. Yomosa S. Solitary Excitations in Deoxyribonucleic Acid (DNA) Double Helices // Phys. Rev. A. — 1984. — Vol. 30. — Pp. 474–480.
  6. Takeno S., Homma B. Topological Solitons and Modulated Structure of Bases in DNA Double Helice // Prog. Theor. Phys. — 1983. — Vol. 70, No 1. — Pp. 308– 311.
  7. Takeno S., Homma B. A Coupled Base-Rotator Model for Structure and Dynamics of DNA // Prog. Theor. Phys. — 1984. — Vol. 72. — P. 679.
  8. Daniel M., Vasumathi V. Perturbed Soliton Excitations in the DNA Double Helix // Physica D. — 2007. — Vol. 231. — Pp. 10–29.
  9. Daniel M., Vasumathi V. Base-Pair Opening and Bubble Transport in a DNA Double Helix Induced by a Protein Molecule in a Viscous Medium // Physical Review E. — 2009. — Vol. 80. — P. 061904.
  10. Peyrard M., Bishop A. R. Statistical Mechanics of a Nonlinear Model for DNA Denaturation // Phys. Rev. Lett. — 1989. — Vol. 62, No 23. — Pp. 2755–2758.
  11. Yakushevich L. V. Nonlinear Physics of DNA. — Wiley (Chichester), 1998. — Second edit. 2004.
  12. Simple Models of Non-Linear DNA Dynamics / G. Gaeta, C. Reiss, M. Peyrard, T. Dauxois // Rivista del Nuovo Cimento. — 1994. — Vol. 17, No 4. — P. 148.
  13. Makhankov V. G. Soliton Phenomenology. — Kluwer Academic Publishers, 1990.
  14. Perelomov A. Generalized Coherent States and Their Applications. — Berlin: Springer, 1986.
  15. Klauder J. R., Skagerstam B. S. Coherent States. Applications in Physics and Mathematical Physics. — World Scient, 2010.
  16. Takeno S., Homma S. Kinks and Breathers Associated with Collective Sugar Puckering in DNA // Prog. Theor. Phys. — 1987. — Vol. 77, No 3.
  17. Takeno S. Compacton-Like Modes in Model DNA Systems and Their Bearing on Biological Functioning // Phys. Lett. — 2005. — Vol. A 339, No 3-5. — Pp. 352– 360.
  18. Kosevich A. M., Ivanov B. A., Kovalyov A. S. Magnetic Solitons // Phys. Rep. — 1990. — Vol. 194, No 3-4. — Pp. 117–238.
  19. Makhankov V. G., Makhankov A. V. Spin Coherent States // Phys. Stat. Sol. B. — 1988. — Vol. 145. — Pp. 669–678.
  20. Fadeev L., Takhtajan L. Hamiltonian Methods in the Theory of Solitons. — Springer, 1987.
  21. Sulem C., Sulem P. L. The Nonlinear Schr¨odinger Equation: Self-focusing and Wave Collapse. — New York: Springer-Verlag, 1999.
  22. Debnath L. Nonlinear Partial Differential Equations. — Birkhauser, 1997.
  23. Alfimov G. L., Konotop V. V., Pacciani P. Stationary Localized Modes in the Quintic Nonlinear Schrodinger Equation with a Periodic Potential // Arxiv:nlin/0605035v2. — 2006.
  24. Rossenau P., Hyman J. M. Compactons: Solitons with Finite Wavelength // Phys. Rev. Lett. — 1993. — Vol. 70. — Pp. 564–567.

© Нехара М.Л., Агиллар Х.А., Агуэро М.А., 2012

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах