Сравнительное исследование кластерного и нейросетевого подходов в задаче анализа белковых структур

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

В данной статье описывается работа, которая является продолжением предыдущего исследования, направленного на поиски решения проблем, возникающих в задаче автоматизации процедуры распознавания генетических белковых структур по их электрофоретическим спектрам (ЭФ-спектрам). Спектральная идентификация сортовой принадлежности зёрен пшеницы является одной из важных сельскохозяйственных задач, для решения которой было предложено использовать Искусственную Нейронную Сеть (ИНС), обученную на выборке из специально подготовленных экспертами сортов. Рассматриваются особенности применения методов нейросетевой классификации и кластерного анализа на примере определения сортовой принадлежности ЭФ-спектров. Правомерность использования предложенных алгоритмов подтверждается положительными результатами, полученными на основе специально подготовленных модельных данных в виде многомерных векторов, имитирующих особенности реальных ЭФспектров, прошедших предварительную обработку, которая включает оцифровку, устранение шумовых и фоновых составляющих, нормализацию. По естественной причине генетического сходства, наблюдаемого у некоторых родственных сортов, ЭФ-спектры имеют трудно различимый характер, что оказывает неблагоприятное влияние на эффективность распознавания схожих экземпляров средствами ИНС. Это накладывает ограничение на количество одновременно распознаваемых сортов. Для преодоления данной особенности был предложен алгоритм кластерного разбиения всего множества сортов на отдельные сортовые группы с последующим применением нейросетевой обработки для каждой группы.

Об авторах

Дмитрий Александрович Баранов

Объединённый институт ядерных исследований

Email: DmitriyBaranof@gmail.com
Лаборатория информационных технологий

Геннадий Алексеевич Ососков

Объединённый институт ядерных исследований

Email: ososkov@jinr.ru
Лаборатория информационных технологий

Андрей Александрович Баранов

Московский государственный технический университет радиотехники, электроники и автоматики (технический университет)

Email: andbar91@yandex.ru

Список литературы

  1. Haykin S. Nueral Networks. A Comprehensive Foundation. - New Jersey: Prentice Hall, 2006.
  2. Ososkov G. A., Baranov D. A. Feature Extraction for Data Input to Neuro-Classifiers // Mathematical Modeling and Computational Physics (MMCP 2009): Book of Abstract of the International Conference (Dubna, July 7-11). - 2009. - Pp. 110-111.
  3. Ososkov G. A., Baranov D. A. Extraction of Data Features for Neuro-Classifier Input // Bulletin of PFUR. Series “Mathematics. Information Sciences. Physics”. - 2010. - No 3. - Pp. 142-148.
  4. Ruanet V. V., Kudryavtsev A. M., Dadashev S. Y. The Use of Artificial Neural Networks for Automatic Analysis and Genetic Identification of Gliadin Electrophoretic Spectra in Durum Wheat // Russian Journal of Genetics. - 2001. - Vol. 37, No 10. - Pp. 1207-1209.
  5. Duran B. S., Odell P. L. Cluster Analysis. - New York: Springer Verlag, 1947.

© Баранов Д.А., Ососков Г.А., Баранов А.А., 2014

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Данный сайт использует cookie-файлы

Продолжая использовать наш сайт, вы даете согласие на обработку файлов cookie, которые обеспечивают правильную работу сайта.

О куки-файлах