<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="research-article" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">RUDN Journal of Medicine</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">RUDN Journal of Medicine</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Вестник Российского университета дружбы народов. Серия: Медицина</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">2313-0245</issn><issn publication-format="electronic">2313-0261</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">Peoples’ Friendship University of Russia named after Patrice Lumumba (RUDN University)</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">21284</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.22363/2313-0245-2019-23-1-79-103</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>IMMUNOLOGY. ALLERGOLOGY</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>ИММУНОЛОГИЯ. АЛЛЕРГОЛОГИЯ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Research Article</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">MATHEMATICAL MODELING AND CONTROL OF HIV INFECTION DYNAMICS TAKING INTO ACCOUNT HORMONAL REGULATION</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>МАТЕМАТИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ И УПРАВЛЕНИЕ ДИНАМИКОЙ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ С УЧЕТОМ ГОРМОНАЛЬНОЙ РЕГУЛЯЦИИ</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Savinkova</surname><given-names>A. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Савинкова</surname><given-names>А. А.</given-names></name></name-alternatives><email>bocharov@m.inm.ras.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Savinkov</surname><given-names>R. S.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Савинков</surname><given-names>Р. С.</given-names></name></name-alternatives><email>bocharov@m.inm.ras.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Bakhmetyev</surname><given-names>B. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Бахметьев</surname><given-names>Б. А.</given-names></name></name-alternatives><email>bocharov@m.inm.ras.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff3"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Bocharov</surname><given-names>G. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Бочаров</surname><given-names>Г. А.</given-names></name></name-alternatives><email>bocharov@m.inm.ras.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">Marchuk Institute of Numerical Mathematics of the Russian Academy of Sciences</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Институт вычислительной математики имени Г.И. Марчука</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff2"><aff><institution xml:lang="en">Peoples’ Friendship University of Russia</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Российский университет дружбы народов</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff3"><aff><institution xml:lang="en">Department of Immunology, Institute of Ecology and Genetics of Microorganisms of the Russian Academy of Sciences</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Институт экологии и генетики микроорганизмов Федерального государственного бюджетного учреждения науки Пермского ФИЦ Уральского отделения Российской академии наук</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2019-12-15" publication-format="electronic"><day>15</day><month>12</month><year>2019</year></pub-date><volume>23</volume><issue>1</issue><issue-title xml:lang="en">VOL 23, NO1 (2019)</issue-title><issue-title xml:lang="ru">ТОМ 23, №1 (2019)</issue-title><fpage>79</fpage><lpage>103</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2019-06-12"><day>12</day><month>06</month><year>2019</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2019, Savinkova A.A., Savinkov R.S., Bakhmetyev B.A., Bocharov G.A.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2019, Савинкова А.А., Савинков Р.С., Бахметьев Б.А., Бочаров Г.А.</copyright-statement><copyright-year>2019</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Savinkova A.A., Savinkov R.S., Bakhmetyev B.A., Bocharov G.A.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Савинкова А.А., Савинков Р.С., Бахметьев Б.А., Бочаров Г.А.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">http://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://journals.rudn.ru/medicine/article/view/21284">https://journals.rudn.ru/medicine/article/view/21284</self-uri><abstract xml:lang="en"><p>Aims: The problem of effective treatment of HIV-infected patients is an important task of clinical virology and immunology due to the high cost of drugs, the presence of side effects and the need for strict adherence to the schedule of drug intake for patients. Therefore, the urgent task is to develop new approaches to optimize the use of antiretroviral therapy to reduce the cost of treatment and to improve the quality of life for patients. The tasks are addressed to test the hypothesis that the system of therapeutic interruptions in the treatment of HIV infection can give better results (both the duration and comfort of the patient’s life, and the need for fewer drugs) compared with regular medication in standard doses. Methods: In this work, an extended version of the mathematical model of the immune response in HIV infection (proposed in Hadjiandreou et al., 2009) was constructed to take into account the hormonal regulation of the immune response and the impact of antiretroviral drugs on the course of the disease, the calibration of the parameters of the resulting model to match the actual trends of the disease and the search for an optimal treatment strategy. The model is formulated as a system of ordinary differential equations. The therapy optimization is modeled following the structured treatment interruptionapproach using the methods of simulated annealing and the simplex method. The mathematical model and optimization methods are implemented in C ++. Results: It has been shown that in treating HIV-infected patients, it is possible to significantly (up to 3 times) reduce the total amount of required medications simultaneously with an increase in the duration of the period with a high quality of life (due to reducing the intensity of side effects) during antiretroviral therapy. Conclusion: The use of mathematical models and optimization methods opens up the possibility for the implementation of personalized approaches to the treatment of HIV infection, taking into account the side effects, the hormonal status of patients and the cost of drugs.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Цель. Проблема эффективного лечения ВИЧ-инфицированных пациентов является важной задачей клинической вирусологии и иммунологии из-за высокой стоимости препаратов, наличия побочных эффектов и необходимости строгого соблюдения расписания приема препаратов для пациентов. Поэтому актуальной является задача разработки новых подходов к оптимизации режимов применения антиретровирусной терапии для снижения стоимости лечения и для улучшения качества жизни пациентов. Поставленные задачи решаются для проверки гипотезы о том, что система терапевтических прерываний при лечении ВИЧ-инфекции может дать лучшие результаты (как продолжительность и комфорт жизни пациента, так и необходимость в меньшем количестве препаратов) в сравнении с регулярным приемом препаратов в стандартных дозах. Методы. В данной работе проведено построение расширенной версии математической модели иммунного ответа при ВИЧ-инфекции (предложенной Hadjiandreou et al., 2009) для учета гормональной регуляции иммунного ответа и воздействия на течение болезни антиретровирусных препаратов, калибровка параметров полученной модели для соответствия реальным закономерностям течения заболевания и поиск оптимальной стратегии лечения. Модель сформулирована в виде системы обыкновенных дифференциальных уравнений, а оптимизация лечения моделировалась в рамках подхода на основе структурированных перерывов в терапии методами имитации отжига и симплекс-метода. Модель и методы оптимизации реализованы на языке C++. Результаты. В работе показано, что при лечении ВИЧ-инфицированных можно существенно (до 3 раз) снизить общее количество медикаментов одновременно с увеличением продолжительности периода с высоким качеством жизни (уменьшить интенсивность побочных эффектов) на всем протяжении антиретровирусной терапии. Выводы. Использование математических моделей и методов оптимизации открывает возможность для реализации персонализированных подходов к терапии ВИЧ-инфекции с учетом побочных эффектов, гормонального статуса пациентов и стоимости лекарств.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>immunology</kwd><kwd>mathematical modeling</kwd><kwd>HIV</kwd><kwd>bioinformatics</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>иммунология</kwd><kwd>математическое моделирование</kwd><kwd>ВИЧ</kwd><kwd>биоинформатика</kwd></kwd-group><funding-group><funding-statement xml:lang="ru">Исследования в данной работе проводились при поддержке Российского Фонда Фундаментальных Исследований (грант № 17-01-00636) и Министерства образования и науки РФ по Программе повышения конкурентоспособности РУДН «5-100» среди ведущих мировых научно-образовательных центров на 2016—2020 гг.</funding-statement></funding-group></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Chereshnev V.A., Bocharov G.A., Kim A.V., Bazhan S.I., Gaynova I.A., Krasovsky A.N., Shmagel N.G., Ivanov A.V., Safronov M.A., Tretyakov R.M. Introduction to the tasks of modeling and managing the dynamics of HIV infection. Moscow; Izhevsk: Institute for Computer Studies, 2016.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Черешнев В.А., Бочаров Г.А., Ким А.В., Бажан С.И., Гайнова И.А., Красовский А.Н., Шмагель Н.Г., Иванов А.В., Сафронов М.А., Третьякова Р.М. Введение в задачи моделирования и управления динамикой ВИЧ-инфекции. М.-Ижевск: Институт компьютерных исследований, 2016. 230 с.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Marios M. Hadjiandreou, Raul Conejeros, Ian Wilson. HIV treatment planning on a case-by-case basis. World Academy of Science, Engineering and Technology. Vol. 3. 2009-08-25.</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Klaus Kapelari, Christine Kirchlechner, Wolfgang Högler, Katharina Schweitzer, Irene Virgolini, Roy Moncayo. Pediatric reference intervals for thyroid hormone levels from birth to adulthood: a retrospective study. BMC Endocrine Disorders 27 November 2008.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Klaus Kapelari, Christine Kirchlechner, Wolfgang Högler, Katharina Schweitzer, Irene Virgolini, Roy Moncayo. Pediatric reference intervals for thyroid hormone levels from birth to adulthood: a retrospective study // BMC Endocrine Disorders 27 November 2008.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B4"><label>4.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Rosen V.B. Basics of Endocrinology: Textbook. 3rd ed. Moscow: Publishing House of Moscow State University, 1994. 384 p.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Розен В.Б. Основы эндокринологии: Учебник. 3-е изд. М.: Изд-во МГУ, 1994. 384 с.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B5"><label>5.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">William M. Kettayl, Ronald A. Arches. Pathophysiology of the endocrine system. Per from English. SPb.; M.: Nevsky dialect; Publishing house “BINOM”, 2001. 336 p.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Кеттайл В.М., Арки Р.А. Патофизиология эндокринной системы. Пер с англ. СПб.-М.: Невский диалект; Издательство «БИНОМ», 2001. 336 с.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B6"><label>6.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Usova N.N. Iodine-containing thyroid hormones and their effect on the nervous system. Medical news. 2012. № 4.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Усова Н.Н. Йодсодержащие тиреоидные гормоны и их влияние на нервную систему // Медицинские новости. 2012. № 4.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B7"><label>7.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Zabelina V.D. [and others]. Problems of endocrinology. 2000. Vol. 45, No 4. P. 10-14.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Забелина В.Д. [и др.] // Проблемы эндокринологии. 2000. Т. 45, No 4. С. 10-14.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B8"><label>8.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Semenyenya I.N. Successes fiziol. sciences. 2004. V. 35, No 2. P. 41-56.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Семененя И.Н. // Успехи физиол. наук. 2004. Т. 35, No 2. С. 41-56.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B9"><label>9.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Diseases of the thyroid gland. Ed. L.I. Bramerman. Moscow: Medicine, 2000. 432 p.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Болезни щитовидной железы / под ред. Л.И. Брамермана. М.: Медицина, 2000. 432 с.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B10"><label>10.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Vasilyeva E.M., Bakanov M.I. Biomed. chemistry. 2005. Vol. 51, No. 6. P. 581-602.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Васильева Е.М., Баканов М.И. // Биомед. химия. 2005. Т. 51. Вып. 6. С. 581-602.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>Panos Macheras, Athanassios Iliadis. Modeling in Biopharmaceutics, Pharmacokinetics, and Pharmacodynamics. Springer, Heidelberg, 2006.</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Süli Endre, Mayers David (2003). Cambridge University Press.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Süli Endre, Mayers David. An Introduction to Numerical Analysis. Cambridge University Press, 2003.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B13"><label>13.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Kirkpatrick S., Gelatt Jr C.D., Vecchi M.P. (1983). Optimization by Simulated Annealing. Science. 220 (4598): 671-680.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Kirkpatrick S., Gelatt Jr. C.D., Vecchi M.P. Optimization by Simulated Annealing // Science. 1983. 220 (4598): 671-680.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="B14"><label>14.</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="en">Slavyanskaya T.A., Sepiashvili R.I. Role of Cytokines in Immunopathology. Allergology and Immunology. 2005. Vol. 6, No 2. P. 42.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="ru">Славянская Т.А., Сепиашвили Р.И. Роль цитокинов в иммунопатологии. Аллергология и иммунология. 2005. Т. 6. № 2. С. 42.</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list></back></article>
