<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="research-article" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Contemporary Mathematics. Fundamental Directions</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Contemporary Mathematics. Fundamental Directions</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Современная математика. Фундаментальные направления</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">2413-3639</issn><issn publication-format="electronic">2949-0618</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">Peoples’ Friendship University of Russia named after Patrice Lumumba (RUDN University)</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">43913</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.22363/2413-3639-2025-71-1-159-175</article-id><article-id pub-id-type="edn">VHWIQO</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>Articles</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>Статьи</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Research Article</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">Determination of the parameters of the mathematical model of the immune response to HIV</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Определение параметров математической  модели иммунного ответа на ВИЧ</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Surnin</surname><given-names>P. S.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Сурнин</surname><given-names>П. С.</given-names></name></name-alternatives><email>p.surnin@internet.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Shishlenin</surname><given-names>M. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Шишленин</surname><given-names>М. А.</given-names></name></name-alternatives><email>m.a.shishlenin@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Bocharov</surname><given-names>G. A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Бочаров</surname><given-names>Г. А.</given-names></name></name-alternatives><email>g.bocharov@inm.ras.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">Sobolev Institute of Mathematics, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff2"><aff><institution xml:lang="en">Marchuk Institute of Numerical Mathematics of the Russian Academy of Sciences</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Институт вычислительной математики им. Г.И. Марчука РАН</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2025-12-15" publication-format="electronic"><day>15</day><month>12</month><year>2025</year></pub-date><volume>71</volume><issue>1</issue><issue-title xml:lang="en">Nonlocal and nonlinear problems</issue-title><issue-title xml:lang="ru">Нелокальные и нелинейные задачи</issue-title><fpage>159</fpage><lpage>175</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2025-04-21"><day>21</day><month>04</month><year>2025</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2025, Surnin P.S., Shishlenin M.A., Bocharov G.A.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2025, Сурнин П.С., Шишленин М.А., Бочаров Г.А.</copyright-statement><copyright-year>2025</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Surnin P.S., Shishlenin M.A., Bocharov G.A.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Сурнин П.С., Шишленин М.А., Бочаров Г.А.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://journals.rudn.ru/CMFD/article/view/43913">https://journals.rudn.ru/CMFD/article/view/43913</self-uri><abstract xml:lang="en"><p>Human immunodeficiency virus of type 1 (HIV) attacks the immune system and thereby weakens the defense against other infections and some types of cancer that the immune system of a healthy person can cope with. Despite the use of highly active antiretroviral therapy (HAART), there are no methods yet to completely eliminate HIV from the body of an infected person. However, due to the expansion of access to HIV prevention, diagnosis and treatment with HAART, HIV infection has moved into the category of controllable chronic diseases. Mathematical modeling methods are actively used to study the kinetic mechanisms of HIV pathogenesis and the development of personalized approaches to treatment based on combined immunotherapy. One of the central tasks of HIV infection modeling is to determine the individual parameters of the immune system response during the acute phase of HIV infection by solving inverse problems. To study the kinetics of the pathogenesis of HIV infection, a mathematical model of eight ordinary differential equations formulated by Bank et al. [5] was used. The system of equations of the model describes the change in the number of four subpopulations of CD4+ T cells and two types of CD8+ T cells. A feature of this model is the consideration of latently infected CD4+ T cells, which serve as the main reservoir of the viral population. The viral load on the human body is determined by the combination of populations of infectious and noninfectious viral particles. The inverse problem of parameter identification based on the data of the acute phase of HIV infection was studied. In particular, the identifiability of the parameters was studied and sensitivity analysis from the input data was performed. The inverse problem was reduced to a minimization problem using the evolutionary centers method.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Вирус иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ) поражает иммунную систему и, тем самым, ослабляет защиту от других инфекций и некоторых типов рака, с которыми может справиться иммунная система здорового человека. Несмотря на применение препаратов высокоактивной антиретровирусной терапии (ВААРТ), пока не существует методов, позволяющих добиться полного удаления ВИЧ из организма зараженного человека. Однако благодаря расширению доступа к средствам профилактики, диагностики и лечения ВИЧ с помощью ВААРТ, ВИЧ-инфекция перешла в категорию контролируемых хронических заболеваний. Для исследования кинетических механизмов патогенеза ВИЧ-инфекции и развития персонализированных подходов к лечению на основе комбинированной иммунотерапии активно используются методы математического моделирования. Одной из центральных задач моделирования ВИЧ-инфекции является определение индивидуальных параметров реагирования иммунной системы при острой фазе развития ВИЧ-инфекции на основе решения обратных задач. Для исследования кинетики процессов патогенеза ВИЧ-инфекции использовалась математическая модель из восьми обыкновенных дифференциальных уравнений, сформулированная H.T. Bank и др. [5]. Система уравнений модели описывает изменение численности четырех субпопуляций CD4+ Т-клеток и двух типов CD8+ T-клеток. Особенностью данной модели является рассмотрение латентно-инфицированных CD4+ T-клеток, которые служат основным резервуаром вирусной популяции. Вирусная нагрузка на организм человека определятся совокупностью популяций инфекционных и неинфекционных вирусных частиц. Проведено исследование обратной задачи идентификации параметров по данным острой фазы течения ВИЧ-инфекции. В частности, исследована идентифицируемость параметров и проведен анализ чувствительности от входных данных. Обратная задача сведена к задачи минимизации методом эволюционных центров.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>human immunodeficiency virus</kwd><kwd>HIV</kwd><kwd>immune response</kwd><kwd>system of differential equations</kwd><kwd>inverse problem of parameter identification</kwd><kwd>method of evolutionary centers</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>вирус иммунодефицита человека</kwd><kwd>ВИЧ</kwd><kwd>иммунный ответ</kwd><kwd>система дифференциальных уравнений</kwd><kwd>обратная задача идентификации параметров</kwd><kwd>метод эволюционных центров</kwd></kwd-group><funding-group><funding-statement xml:lang="en">The work of P. S. Surnin was supported by the Mathematical Center in Akademgorodok, agreement with the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation No. 075-15-2022-281. The work of M. A. Shishlenin was carried out within the framework of the state assignment of the SB RAS Institute of Mathematics (topic No. FWNF-2024-0001). The work of G. A. Bocharov was supported by the Russian Science Foundation (project No. 23-11-00116, https://rscf.ru/project/23-11-00116).</funding-statement><funding-statement xml:lang="ru">Работа П.С. Сурнина выполнена при поддержке Математического Центра в Академгородке, соглашение с Министерством науки и высшего образования Российской Федерации № 075-15-2022-281. Работа М.А. Шишленина выполнена в рамках госзадания ИМ СО РАН (тема № FWNF-2024-0001). Работа Г.А. Бочарова выполнена при поддержке Российского научного фонда (проект № 23-11-00116, https://rscf.ru/project/23-11-00116).</funding-statement></funding-group></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Кабанихин С.И., Шишленин М.А. Об использовании априорной информации в коэффициентных обратных задачах для гиперболических уравнений// Тр. ИММ УрО РАН. - 2012.- 18, № 1.-С. 147-164.</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Соболь И.М. Глобальные показатели чувствительности для изучения нелинейных математических моделей// Матем. модел. -2005.- 17, № 9.- С. 43-52.</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>ВИЧ-инфекция в Российской Федерации на 31 декабря 2021 г.// Референс-Центр по мониторингу за ВИЧ и ВИЧ-ассоциированными инфекциями [электронный ресурс].- Режим доступа: http://www.hivrussia.info/wp-content/uploads/2022/03/Spravka-VICH-v-Rossii-na-31.12.2021 -g.pdf (дата обращения: 11.11.2024).</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Banks H., Banks J., Link K., Rosenheim J., Ross C., Tillman K. Model comparison tests to determine data information content// Appl. Math. Lett. -2015.-43.-С. 10-18.-DOI: 10.1016/j.aml.2014.11.002.</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Banks H.T., Davidian M., Hu S., Kepler G.M., Rosenberg E.S. Modelling HIV immune response and validation with clinical data// J. Biol. Dyn. - 2008.- 2, № 4.- С. 357-385.-DOI: 10.1080/ 17513750701813184.</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>Banks H., Flores K.B., Hu S., Rosenberg E., Buzon M., Yu X., Lichterfeld M. Immuno-modulatory strategies for reduction of HIV reservoir cells// J. Theor. Biol.-2015.-372.-С. 146-158.-DOI: 10.1016/j.jtbi.2015.02.006.</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>Banks H., Hu S., Rosenberg E. A dynamical modeling approach for analysis of longitudinal clinical trials in the presence of missing endpoints// Appl. Math. Lett. -2017.-63.-С. 109-117.-DOI: 10.1016/j.aml.2016.07.002.</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>Bocharov G., Chereshnev V., Gainova I., Bazhan S., Bachmetyev B., Argilaguet J., Martinez J., Meyerhans A. Human immunodeficiency virus infection: from biological observations to mechanistic mathematical modelling// Math. Model. Nat. Phenom. -2012.- 7, № 5.-С. 78-104.-DOI: 10.1051/ mmnp/20127507.</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>Gandhi R.T., Bedimo R., Hoy J.F., Landovitz R.J., Smith D.M. и др. Antiretroviral drugs for treatment and prevention of HIV infection in adults: 2022 recommendations of the international antiviral society- USA panel// JAMA. -2023.- 329, № 1.-С. 63-84.- DOI: 10.1001/jama.2022.22246.</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><mixed-citation>Jenner A.L., Aogo R.A., Davis C.L., Smith A.M., Craig M. Leveraging computational modeling to understand infectious diseases// Curr. Pathobiol. Rep.- 2020.-8, № 4.-С. 149-161.- DOI: 10.1007/ s40139-020-00213-x.</mixed-citation></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>Kabanikhin S., Shishlenin M. Quasi-solution in inverse coefficient problems// J. Inverse Ill-Posed Probl.- 2008.-16, № 7.- С. 317-357.-DOI: 10.1515/jiip.2008.043.</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><mixed-citation>Kabanikhin S., Shishlenin M. Theory and numerical methods for solving inverse and illposed problems// J. Inverse Ill-Posed Probl. -2019.- 27, № 3.- С. 453-456.-DOI: 10.1515/jiip-2019-5001.</mixed-citation></ref><ref id="B13"><label>13.</label><mixed-citation>Kazer S.W., Aicher T.P., Muema D.M., Carroll S.L., Ordovas-Montanes J. и др. Integrated single-cell analysis of multicellular immune dynamics during hyperacute HIV-1 infection// Nat. Med. -2020.- 26, № 4. -С. 511-518.-DOI: 10.1038/s41591-020-0799-2.</mixed-citation></ref><ref id="B14"><label>14.</label><mixed-citation>Landovitz R.J., Scott H., Deeks S.G. Prevention, treatment and cure of HIV infection// Nat. Rev. Microbiol.- 2023.-21.-С. 657-670.-DOI: 10.1038/s41579-023-00914-1.</mixed-citation></ref><ref id="B15"><label>15.</label><mixed-citation>Mej´ıa-de Dios J.-A., Mezura-Montes E. A new evolutionary optimization method based on center of mass: performance and safety management// В сб.: «Decision Science in Action Theory and Applications of Modern Decision Analytic Optimisation».-Singapore: Springer, 2019.- С. 65-74.-DOI: 10.1007/978981-13-0860-4_6.</mixed-citation></ref><ref id="B16"><label>16.</label><mixed-citation>Perelson A.S., Ribeiro R.M. Introduction to modeling viral infections and immunity// Immunol. Rev.- 2018.-285.- С. 5-8.-DOI: 10.1111/imr.12700.</mixed-citation></ref><ref id="B17"><label>17.</label><mixed-citation>Tsitouras C. Runge-Kutta pairs of order 5(4) satisfying only the first column simplifying assumption// Comput. Math. Appl. -2011.- 62, № 2. -С. 770-775.-DOI: 10.1016/j.camwa.2011.06.002.</mixed-citation></ref><ref id="B18"><label>18.</label><mixed-citation>Vemparala B., Chowdhury S., Guedj J., Dixit N.M. Modelling HIV-1 control and remission// npj Syst. Biol. Appl. - 2024.- 10, № 1.- 84.- DOI: 10.1038/s41540-024-00407-8.</mixed-citation></ref><ref id="B19"><label>19.</label><mixed-citation>Wendelsdorf K., Dean G., Hu S., Nordone S., Banks H. Host immune responses that promote initial HIV spread// J. Theor. Biol.-2011.-289.- С. 17-35.-DOI: 10.1016/j.jtbi.2011.08.012.</mixed-citation></ref><ref id="B20"><label>20.</label><mixed-citation>Zheltkova V., Argilaguet J., Peligero C., Bocharov G., Meyerhans A. Prediction of PD-L1 inhibition effects for HIV-infected individuals// PLOS Computational Biology.- 2019.- 15, № 11.-e1007401.- DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007401.</mixed-citation></ref><ref id="B21"><label>21.</label><mixed-citation>HIV and AIDS// World Health Organization [электронный ресурс]. -Режим доступа: https://www. who.int/news-room/fact-sheets/detail/hiv-aids (дата обращения: 11.11.2024).</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
